ようやくわかった

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passenger_ruby /home/USER/.rbnev/versions/1.9.3-p0/bin/ruby;

を

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passenger_ruby /home/USER/.rbnev/shims/ruby;

としていたため。とりあえずベタ書きで対応。

稼動しているサーバから持ってきた設定であったが、 おそらく以下のようなdot-file設定等々に影響してるのだろうな、と。

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export PATH="$HOME/.rbenv/bin:$PATH"
eval "$(rbenv init -)"
source ~/.rbenv/completions/rbenv.bash

最初の小細工

config option((–lock-path を以前のものから変更した))

yum 版 nginx との差分

修正後の nginx 起動スクリプト